Pada 1985, Prabowo naik jabatan menjadi Wakil Komandan Batalyon Infanteri Lintas Udara 328.
Kemudian pada 1991, Prabowo menjabat Kepala Staf Brigade Infanteri Lintas Udara 17.
Pada puncaknya, Prabowo diangkat menjadi Danjen Kopassus dengan pangkat Mayor Jenderal pada 1995.
Pada tanggal 20 Maret 1998 Prabowo diangkat menjadi Panglima Komando Cadangan Strategis Angkatan Darat (Pangkostrad) dengan pangkat Letnan Jenderal.
Namun jabatan itu hanya diembannya selama dua bulan karena terseret kasus dugaan penculikan aktivis.
Ia copot dari jabatannya dan digantikan Letnan Jenderal Johny Lumintang, yang saat itu menjabat Asisten Operasi Pangab.
Karier militer Prabowo di TNI selanjutnya resmi berakhir pada 24 Agustus 1998 lewat pengumuman langsung oleh Wiranto yang saat itu menjabat sebagai Menteri Pertahanan sekaligus Panglima Angkatan Bersenjata RI.
Video pemberhentian Prabowo dari ABRI terlihat dalam arsip di kanal YouTube AP Archive.
Video itu menampilkan upacara pemberhentian Letjen Prabowo Subianto dari ABRI.
Surat pemberhentian Prabowo dari ABRI juga sempat beredar pada 2014, pada momen-momen Pemilu.
Saat itu surat Dewan Kehormatan Perwira (DKP) bocor ke publik.
Detik memberitakan surat keputusan nomor KEP/03/VIII/1998/DKP itu.
Dalam surat itu, Prabowo dinyatakan bersalah dalam sejumlah kebijakan selama di militer.
Salah satu kasus yang diputus dalam surat itu adalah penculikan para aktivis tahun 1998.
DKP menyebut Prabowo memerintahkan anggota Satgas Mawar, Satgas Merpati, melalui Kolonel Inf Chairawan (Dan Grup-4) dan Mayor Inf Bambang Kristiono melakukan pengungkapan, penangkapan, dan penahanan aktivis.
Tindakan itu menimbulkan korban, yaitu Andi Arief, Aan Rusdianto, Mugiyanto, Nezar Patria, Haryanto Taslam, Rahardjo Waluyojati, Faisol Reza, Pius Lustrilanang, serta Desmond J. Mahesa.