Pada akhir tahun 2001 Garuda kembali mentransfer lima armada Fokker-28 untuk memperkuat armada Citilink.
Di tahun 2004 Citilink telah melayani sepuluh Destinasi dan saat itu juga Garuda mulai mengganti Fokker 28 Citilink dengan Boeing 737-300.
BACA JUGA:Ternyata Ini Tokoh yang Menjaga Soekarno-Hatta, Siapa Dia? Kenal Lebih Dekat di Sini Yuk!
Di Tahun 2008 Garuda Indonesia memberhentikan sementara operasional Citilink, dan beroperasi kembali. Pada Januari 2009 setelah semua pesawat Fokker F28 digantikan dengan pesawat yang lebih modern.
Pada bulan Juli 2010 operasional Citilink dilakukan oleh dua Boeing 737-300 dan Boeing 737-400.
Pada Mei 2011 Garuda indonesia mengumumkan rencana spin-off Citilink.
Rencana bisnis baru ini adalah agar Citilink menjadi entitas bisnis terpisah pada kuartal pertama 2012 dengan perombakan merek secara penuh untuk maskapai.
BACA JUGA:Gelombang Tinggi, Nelayan Jangan Memaksakan Diri
Ini termasuk desain livery baru, situs web baru, desain interior kabin dan seragam awak kabin yang baru serta juga strategi periklanan dan pemasaran baru.
Bagian utuh dari rencana ini adalah Citilink membeli 25 pesawat Airbus A320 terbaru dan memanfaatkan pesawat ini untuk berkembang menjadi maskapai penerbangan berbiaya rendah regional yang signifikan.
Tahun 2015, Citilink akan memberikan kontribusi pendapatan sebesar 30 persen kepada Garuda Indonesia.
Setelah memperoleh Air Operator Certificate pada Agustus 2012, Citilink berhasil mengangkut sebanyak 8 juta penumpang hingga akhir tahun 2013.
BACA JUGA:16 Tim Sepak Bola Akan Bertanding di Turnamen Pagulir
Mereka beroperasi dengan load factor sebesar 85 persen dan tingkat kedatangan tepat waktu sebanyak 87 persen.
Bulan Mei 2015 Citilink memiliki armada yang terdiri dari 4 Unit Boeing 737-300, 4 Unit Boeing 737-500 dan 34 Unit Airbus A320
Pada akhir tahun 2019, Citilink menerima pengiriman 2 unit Airbus A330-900 yang awalnya dipesan oleh WOW Air.