Masjid yang sangat sederhana hanya memiliki satu lantai dengan atapnya terbuat dari seng serta kubahnya berbentuk limas seperti umumnya masjid yang ada di Jawa.
Seorang pengurus Masjid Jami’, H. Muhammad Syaiful mengatakan, mrumah ibadah ini hanya untuk salat lima waktu dan jamaahnya juga sedikit pada masa lalu.
Namun begitu bersejarah pada era 1962-1963 ketika terjadi peristiwa penyerahan wilayah dari tangan penjajah dan masjid banyak didatangi oleh tentara muslim dari Asia Selatan seperti India dan Pakistan untuk salat.
Setelah pendirian Masjid Al Fatah membuat Masjid Jami’ tak terawat bahkan mulai ditumbuhi ilalang dan dekat masjid berdiri tempat hiburan, seiring waktu Masjid Jami’ dipindahkan ke lantai atas sekolah yang ada di Jayapura.*